L’Allier constitue un axe migratoire majeur pour de nombreuses espèces, dont plusieurs sont protégées : saumon atlantique, sternes naines et pierregarin… C’est un corridor écologique remarquable grâce à une morpho‐dynamique encore largement active.
Mais c’est surtout le bassin Loire-Allier où le saumon atlantique fait l’objet de toutes les attentions. Il est la dernière souche sauvage d’Europe occidentale capable de se reproduire à près de 1000 km de l’océan.
Depuis le Moyen-Age, les saumons ont commencé à se raréfier dans certains cours d’eau pour disparaître ensuite totalement de bon nombre d’entre eux. La rivière Allier a conservé une population de Salmo salar au prix d’efforts constants.